En la Nueva Inglaterra del siglo XVII, un hombre llamado William, tras una disputa de carácter religioso con el resto de la colonia puritana donde vive, es expulsado con su familia: su esposa Katherine, su hija Thomasin, su hijo Caleb y los gemelos Mercy y Jonás. Durante el exilio, la familia construye una granja a un costado de un extenso y aislado bosque, lejos del asentamiento puritano. Katherine pronto da a luz a su quinto hijo, Samuel. Mientras estaba al cuidado de Thomasin, Samuel desaparece misteriosamente. Después se ve que el bebé fue secuestrado por una bruja que vive en el bosque, quien lo mata y utiliza su sangre y su grasa para preparar un ungüento para volar.[7]​

Katherine, desolada por la desaparición de Samuel, pasa los días llorando y rezando. William lleva a Caleb a cazar al bosque, donde el niño lo reprocha por no haber bautizado a su hermano Samuel. William, en respuesta, le confiesa que ha vendido la preciada copa de plata de Katherine para comprar insumos de caza. En la granja, los gemelos juegan con el macho cabrío de la familia, llamado Black Phillip, quien, según los niños, les habla. Esa noche, Katherine culpa a Thomasin por extraviar su copa de plata e insinúa que también es responsable por la pérdida de Samuel. Cuando los niños se van a dormir, escuchan a sus padres decir que enviarán a Thomasin a servir a otra familia.

A la mañana siguiente, Caleb y Thomasin se escabullen en el bosque para cazar. De pronto, el perro que los acompaña sale tras una liebre y Caleb lo sigue, dejando a Thomasin sobre el caballo. Cuando el animal se inquieta, la joven cae al suelo y queda inconsciente. Caleb, ya perdido en medio de la vegetación, encuentra el cuerpo desmembrado de su perro. Adentrándose aún más en el bosque, descubre una misteriosa cabaña de la cual sale la bruja disfrazada como una joven y seductora mujer. Thomasin despierta y, guiada por los gritos de su padre, encuentra el camino a casa. Mientras Katherine increpa a su hija por haber ido al bosque, William ite a regañadientes que él fue quien vendió la copa de plata.

Esa noche, Caleb regresa a la granja desnudo y delirante a causa de una extraña enfermedad. Katherine sugiere que su hijo ha sido víctima de brujería y reza por él. Al día siguiente, Caleb sufre violentas convulsiones y proclama con pasión su amor por Cristo antes de morir pacíficamente. Después de la muerte de Caleb, los gemelos acusan a Thomasin de practicar brujería, pero ella, a su vez, los acusa a ellos dos, revelando la capacidad que tienen para conversar con el macho cabrío. Airado por el comportamiento de sus hijos, William encierra a Thomasin y a los gemelos en el establo junto a las cabras.

En medio de la oscuridad, los gemelos y Thomasin despiertan y descubren a la bruja bebiendo la sangre de los animales. En la casa, Katherine tiene un delirio sobre el regreso de Caleb y Samuel. En su sueño, toma al bebé y lo amamanta, pero en realidad es un cuervo quien picotea su pezón mientras la mujer ríe histéricamente. Al amanecer, William encuentra el establo destruido, los animales eviscerados, los gemelos desaparecidos y a Thomasin inconsciente con sus manos ensangrentadas. Cuando Thomasin despierta, William es atacado a muerte por Black Phillip. Una trastornada Katherine culpa a Thomasin por lo ocurrido. Cuando intenta estrangularla, la muchacha se defiende con un cuchillo y termina matando a su madre.

Esa noche, Thomasin entra al establo en ruinas y habla con Black Phillip, o al menos eso es lo que se imagina. Él la convence de firmar su libro, ofreciéndole a cambio recorrer el mundo y darle la vida que siempre ha deseado. Thomasin acepta y luego se dirige desnuda al bosque acompañada por la cabra negra. Finalmente encuentra a un grupo de mujeres desnudas alrededor de una fogata celebrando un un aquelarre . Thomasin se les une y todas comienzan a a levitar.