Bonjour à tous, on se retrouve pour ce petit rappel sur les acides aminés.
Ils sont partout dans votre organisme. Ils servent à créer des molécules plus complexes (protéines), à être utilisés et/ou dégradés pour diverses raisons. Vous connaissez d’ailleurs très bien l’odeur de l’un d’entre eux, lorsqu’il est dégradé. La « Putrescine » ou encore la « Cadaverine » sont tous deux des composés issus de la dégradation d’acides aminés et comme leur nom l’indique, ils sont responsable de l’odeur nauséabonde provenant des cadavres. Charmant, n’est-ce pas? Pas d'inquiétudes, ça va s'arranger...
Des acides aminés il en existe une véritable flopée, mais naturellement, votre organisme n’en utilise qu’une vingtaine pour former toutes les protéines par la voie classique. C’est bien assez comme complexité pour former des tas de protéines toutes mignonnes. Le reste des acides aminés sont utilisés tels quels ou sont modifiés.
Les groupements acides et amines
Pour bien comprendre ce qu’est un acide aminé, il faut juste que je vous présente 2 groupements chimiques. Je ferai un rappel sur les principes acides/bases, mais pour l’instant je vous montre les deux groupements caractéristiques des acides aminés :
Le carboxyle HO-C=O (COOH pour les intimes) et le groupement amine NH2. Voici par exemple, l’acide aminé le plus simple : la Glycine :
Deux acides aminés peuvent se lier par l’intermédiaire d’une réaction qui coutera de l’énergie sous forme de chaleur, apporté par l’ATP (vous vous souvenez, cette petite molécule énergétique ?). Voici l’exemple où deux glycines se lient ensemble :
Cette molécule est appelée un dipeptide, (di = deux) et est donc constituée de deux résidus d’acides aminés. Remarquez la liaison O=C-NH en son centre. Cette liaison est très solide, et elle est appelée liaison peptidique, tout à fait logiquement et est formée en libérant une molécule d'eau. On ne nomme plus les acides aminés de la même façon lorsqu’ils sont impliqués dans une ou plusieurs liaisons peptidiques (2 maximum), on parlera de résidus d’acides aminés, ou résidus.
Vous commencez à voir où cela mène ? On peut en ajouter plusieurs encore !
En dessous de 10 résidus d’acides aminés, on appelle cela un « Oligo-peptide » (oligo du grec ancien « peu abondant »). Notre dipeptide en est un.
Jusqu’à 100 résidus d’acides aminés, c’est un « Peptide ». Nous pouvons citer l’insuline active qui est un peptide de 51 acides aminés et est utilisé par le corps comme messager pour indiquer que notre sang est trop riche en glucose (hyperglycémie).
A partir de 100 acides aminés, on appelle ça une « Protéine ».
La chaine latérale
La troisième et dernière caractéristique des acides aminés, c’est ce qui va les rendre différents les uns les autres. Sur la prochaine figure, je vais vous présenter un acide aminé type. La chaine latérale va être ce qui remplace la lettre R, que l’on nomme radical :
C’est assez simple. A l’exception d’un seul acide aminé parmi les 22 (la proline), les 21 autres suivent cette règle. La seule différence c’est le groupement chimique qui se trouve en radical. Vous pouvez les trouver sur internet. Dans le cas de la glycine, le plus simple des acides aminés, c’est tout simplement un hydrogène. Par contre dans le cas de la tyrosine, vous pouvez voir que c’est tout de suite autre chose. C’est un très grand cycle que l’on nomme aromatique. La tyrosine est l’un des acides aminés aromatique, c’est-à-dire qu’il présente un goût. Vous pouvez par exemple le retrouver sous forme de petits cristaux avec un goût salé. Si un jour vous mangez du fromage bien vieux comme du comté affiné 24 mois, et que vous trouvez que ça croustille et que c’est salé, ce n’est pas du sel de table mais de la tyrosine !
Voici la table des 22 acides aminés protéinogènes (Tiré de wikipédia). Vous ne trouverez que très rarement les acides aminés en gris.
Le rapport avec le langage génétique ?
Maintenant que vous comprenez comment une protéine est formée, par l’assemblage de plusieurs acides aminés différents, on va pouvoir revenir au code génétique.
Tout simplement, lorsque vous lisez une séquence comme celle-ci :
Eh bien, ce qu’il faut voir ce sont des triplets de lettre, que l’on appelle des « codons ». Et ces codons sont lus en suivant des règles que ce tableau simplifie :
De sorte que notre séquence nous donne :
La configuration d’un gène
Dans le tableau des codons, vous pouvez voir qu’il existe des codons vert (initiation) et des codons rouges (terminaison). Ceux-ci délimitent le début et la fin d’un gène.
Un gène commence donc systématiquement par AUG, qui est un codon pour la méthionine, un acide aminé. Et après tous les codons du gène, se trouve un dernier codon, le codon STOP qui ordonne à la machinerie d’arrêter la synthèse de la protéine.
Exemple de séquence ARN traduite:
Ce petit peptide sera donc composé de Methionine-Proline-Asparagine-Arginine-Glycine. Rien de plus ! Facile non ?
Voilà pour ce blog concernant le langage génétique. N’hésitez pas à poser vos questions en commentaire et également de proposer/corriger si j’ai écrit une bêtise.
Bonus – Petit jeu
Pour voir si vous avez bien compris, je vous donne une séquence ADN à transcrire puis traduire en protéine. Commentez le résultat, la composition du peptide et votre raisonnement ! (Il y a un tout petit piège). C’est un hexapeptide que vous devez trouver à la fin (6 résidus).
TAC-TGC-CCC-TCC-AGA-TAC-ATC-GCG
Attention toutefois, la partie I vous sera nécessaire pour ce petit exercice!
Amusez vous bien, et profitez de la vie!
[Edit 31/07 à 14h12] : L'une des figures comportait une erreur, je l'ai modifiée puis réintégrée.
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