El evento de historia del Team Rainbow Rocket fue originalmente planeado para Sol y Luna, conceptualizado ya en julio 2, 2015.
Junto a la región de Alola hay un espacio llamado el "Ultra Agujero" y como consecuencia de las acciones de la Fundación Aether, el Ultra Espacio comienza a volverse inestable y se mezcla con otros mundos. Giovanni y otros líderes villanos de otras regiones en estos mundos se unen y llegan a Alola. Después de convertirse en Campeón, se inaugura una nueva Instalación de Batalla, llamada el "Árbol de Batalla", que se extiende a través de la región. Los jefes de esta nueva instalación son Rojo y Azul, quienes desafían al protagonista y a Hau a una batalla para celebrar.
Después, el Profesor Kukui anuncia el "Proyecto Gimnasio Alola", donde el protagonista ahora debe formar Gimnasios en Alola y reclutar entrenadores para ser Líderes de Gimnasio. El primer Líder de Gimnasio de Melemele es el Campeón, el jugador.
Los reclutas del Team Rainbow Rocket comienzan a causar problemas en toda la región, molestando a Guzma y al Team Skull. Lusamine todavía sufre los efectos secundarios de haber estado con Nihilego cuando la tecnología de Aether es robada. Lillie y Gladion alertan al jugador sobre este incidente. El dúo está considerando llevar a Lusamine a Ciudad Carmín en la región de Kanto.
En la isla Ula'ula, Magno y Aquiles tienen una discusión sobre qué es mejor, la tierra o el mar. Dependiendo de la versión que tengas, puedes unirte a cualquiera de los dos líderes en una batalla doble contra el líder opuesto y Hau.
En el Observatorio, el protagonista tiene una batalla con Acromo para probar sus habilidades. Luego, Acromo invoca a un Ciro/Cyrus alternativo, quien batalla contra el protagonista después de conocer a su Rotom-dex.
En una confrontación con Faba, Sina y Dexio se involucrarán y eventualmente se cruzará con un evento planeado de Zygarde en el juego.
Los reclutas del Team Skull y del Team Rainbow Rocket se enfrentan en un gran conflicto. Ghechis intenta reclutar a Acromo, pero él lo rechaza y le da al protagonista un ítem. Este ítem está conectado a una historia en Blanco y Negro.
Los jefes del Team Rainbow Rocket comienzan a atacar los Gimnasios que el protagonista estableció en toda Alola. Giovanni derrota al protagonista en una batalla guiada por el guion, y se convierte en el nuevo Campeón de Alola. Esto motiva a los otros líderes villanos.
La madre del protagonista los motiva a proteger Alola. El Profesor Kukui le da al protagonista un MT especial para fortalecerlos, y está relacionado con el lore de los Movimientos Z especiales.(Mov.Zcaracterísticos)
El protagonista y Hau entran en Ultraespacio para enfrentarse al Team Rainbow Rocket. Rojo y Azul también se unen a la pelea. Giovanni derrota al protagonista y a Hau, pierde y escapa. La tecnología de Aether que abrió un agujero en Ultraespacio se sale de control y crea una grieta. Esta grieta absorbe a algunos de los líderes villanos y los envía de regreso a sus mundos.
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El verdadero Giovanni aparece y cierra la grieta. El verdadero Giovanni explica que el Giovanni del Team Rainbow Rocket era en realidad un recluta del Team Rocket que iraba mucho a Giovanni y después de caer en Ultraespacio, se hizo pasar por un Giovanni falso. El grupo regresa a Alola. Rojo y Azul preguntan a Giovanni cuál es el objetivo del "antiguo Líder de Gimnasio", y él dice que es ser un entrenador del cual su hijo pueda estar orgulloso.
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La historia termina con Lillie y Lusamine yendo a Kanto, con Gladion tomando el mando de la Fundación Aether.
En una escena de post-créditos, estamos en la casa de Oak en Alola, con una foto de Rojo y Azul cuando comenzaron sus viajes. Se muestra una segunda imagen, con Rojo, Azul, el protagonista y Hau en una foto conmemorativa.
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